Zašlete vzorky DNA a získejte zdarma nové kity

Máte k dispozici vzorky DNA (1-5 pg)? Vyměňte je za nové kity! Společnost MRC Holland potřebuje pro validaci nových produktů vzorky DNA s následujícími aberacemi:

• CYP21A2 / CAH: známé bodové mutace
• HBB: změny v počtu kopií nebo běžné bodové mutace
• ATP7B, CYP2D6, CYP2C9, CYP2C19: změny v počtu kopií nebo běžné bodové mutace
• CFTR, PKD1, LDLR, MEN1, STK11, FBN1, NSD1, MYBPC3, TSC1, TSC2, SDHA, SDHB, SDHD a mnoho dalších genů: změny v počtu kopií 
• F8: inverze (mužské a ženské)
• Subtelomerické regiony: změny v počtu kopií 
• Mikrodeleční syndromy (ne PWS/AS, Williams)
• Vzorky s uniparentální disomií (ne PWS/AS)
• Fetální vzorky DNA (normální nebo trisomie)

Věděli jste, že…

…RNA přítomná ve vzorcích DNA může vážně ovlivnit výsledky MLPA u některých kitů (P102, P140, P125)? Pokud je RNA přítomna ve velkém množství, mohou se RNA molekuly vázat na MLPA sondy nebo na cílovou DNA, čímž se snižuje účinnost vazby sond.
…kity P102 HBB a P140 HBA detekují cílové geny, které jsou silně exprimované v červených krvinkách? Vytvářené mRNA molekuly proto interferují s vazbou MLPA sond ve vzorcích DNA odvozených z krve. Podobně je silně exprimována mitochondriální rRNA v každé tkáni, a proto sondy z kitu P125 Mitochondria také musí soutěžit o vazbu na templátovou mtDNA, když je přítomna RNA.
…některé automatické metody izolace DNA nezahrnují ošetření RNázou, a proto je nutné provést tento krok extra, pokud jsou použity výše uvedené kity? Čtěte pečlivě popisy produktů a doporučení pro ošetření vzorků RNázou.

Hledáte nejefektivnější metodu pro izolaci DNA z FFPE tkání pro MLPA analýzu?

Získání DNA z FFPE tkání může být náročné. Kolegové zkoumali, které způsoby přípravy FFPE tkání a způsoby extrakce dávají nejlepší výsledky v MLPA experimentech. Při testování metod pro přípravu tkání bylo zjištěno, že běžně používaná 12-24h fixace v neutrálním pufrovaném formalínu při pokojové teplotě je nejlepší metoda pro MLPA.

Bylo prokázáno, že pro extrakci DNA z FFPE tkání má jedno-zkumavková extrakce FFPE stejnou účinnost nebo dokonce lepší než jiné metody z hlediska vhodnosti pro MLPA, času a efektivnosti nákladů a snadného provedení. Tato studie dále zdůrazňuje, že pro spolehlivé, vysoce kvalitní výsledky MLPA, je nezbytné použít referenční vzorky DNA, které jsou izolovány z tkáně stejného typu a mají stejné fixační a izolační podmínky jako klinické vzorky.

Amplifikace genů (s potenciálem pro cílenou terapii) u karcinomu žaludku detekovaná pomocí MLPA s vysokou citlivostí a specifitou 

Karcinom žaludku (GC) je jedním z nejčastějších druhů rakoviny a třetí nejčastější příčinou úmrtí na rakovinu po celém světě. To je důvod, proč jsou naléhavě zapotřebí nové genetické markery a účinné léčebné možnosti pro nemocné s pokročilým karcinomem žaludku.

Dvě nedávno publikované práce (Silva A. et al., Ooi A. et al.) studovaly možnost využití technologie MLPA pro detekci změn v počtu kopií (CNAs) u GC a pro identifikaci pacientů vhodných pro cílenou léčbu. Pomocí MLPA testu P458 Gastric Cancer obě studie prokázaly, že souběžné posouzení CNAs v několika genech v DNA odvozené z FFPE tkáňových vzorků je nejen proveditelné, časově a finančně efektivní, ale také poskytuje vysokou citlivost, specifitu a vynikající reprodukovatelnost. Ooi A. et al. došli k závěru, že amplifikované geny CCNE1, CCND1 a CDK6 u pokročilého karcinomu žaludku by mohly být užitečné jako přímé cíle pro molekulární terapii, nebo pro kombinovanou terapii s inhibitory ERBB2 nebo EGFR.

Nové a zlepšené kity

Blížící se semináře a MLPA konference

3.-5. dubna, AMP, Berlín, Německo
stánek #39 
MRC-Holland bude prezentovat poster na AMP v úterý 4. dubna (nr. TT15). Přijďte se podívat, pokud se chcete dozvědět více o použití surových lyzátů z FFPE tkání pro analýzu změn v počtu kopií pomocí nové metody digitální MLPA.