MLPA kity Multiplex Ligation Probe Amplification

Výhody MLPA®

MLPA® pro detekci počtu kopií nabízí mnoho výhod oproti jiným technikám. Za prvé, metody, které byly primárně vyvinuty pro detekci bodových mutací, jako je sekvenace a DHPLC, zpravidla
přehlédnou změny v počtu kopií. Metoda Southern blotu odhalí mnohé aberace, ale ne vždy dokáže
detekovat malé delece a není ideální pro rutinní zpracovávání velkého množství vzorků. I když
charakterizovat delece a amplifikace dovede dobře PCR, určení míst zlomů obvykle nezvládne.

Navíc, při srovnání MLPA a FISH, MLPA® má nejen tu výhodu, že jde o multiplexovou techniku, ale také to, že je cílená na velmi malé (50-70 nt) sekvence, což umožňuje detekci i jednonukleotidových aberací, které jsou příliš malé pro zachycení FISH metodou. Navíc lze MLPA® použít na čištěnou DNA. A konečně, v porovnání s arrayCGH, je výhodou MLPA® nízká cena a technická jednoduchost. Přestože MLPA® není vhodná pro celogenomový screening, je dobrou alternativou pro mnoho běžných aplikací.

Více než 300 sad sond, které jsou nyní komerčně dostupné a jsou určeny k použití v rozsahu od relativně častých (Duchenne, DiGeorge syndrom, SMA), i pro velmi vzácná onemocnění (hereditární pankreatitida, nedostatek antitrombinu, Birt-Hogg-Dubé syndrom).

Představujeme vám nové kity SALSA MLPA

• P225 PTEN

Tento kit byl aktualizován v červenci 2013 a obsahoval další sondu lokalizovanou 145 nt před exonem 3, což usnadnilo detekci počtu kopií tohoto exonu a zároveň byla vyloučena velká delece intronu 2 pravděpodobně zasahující do exonu 3 (u některých pacientů byla detekována delece intronu 2 o neznámé velikosti pomocí předchozí verze kitu). Navíc byla přidána jedna hraniční sonda pro PTEN a několik referenčních sond bylo nahrazeno jinými.

Kity ve vývoji

• P002 BRCA1

Jak firma MRC - Holland zmínila ve svém červencovém bulletinu, pracuje na nové verzi kitu P002 BRCA1. Testovací kit této nové verze je nyní k dispozici. Pokud ho máte zájem otestovat, prosím, kontaktujte info@mlpa.com . Aktuální verze bude k dispozici nejpozději do léta roku 2014.

V nové verzi kitu je zahrnuto dalších dvanáct BRCA1 sond, což vede k lepšímu pokrytí dlouhého exonu 11. V kitu jsou dále sondy pro exony 13, 16, 24 a pro oblast promotoru. Ligační místa současných BRCA1 sond zůstaly beze změny s výjimkou jedné sondy pro exon 24.

• P140 HBA

V předešlých měsících několik našich zákazníků testovalo novou verzi kitu P140 HBA (verze C1). Tato nová verze nahradí současnou verzi přibližně v dubnu. Současná verze bude k dispozici na vyžádání minimálně do léta 2014.

Při použití aktuální verze B4 je někdy obtížné rozlišit malé delece způsobené genovou konverzí, neboť pouze jedna sekvence z dvojice blízce příbuzných sekvencí je detekována sondou. Do nového kitu P140 jsme zařadili pět párů sond, které detekují počet kopií obou těchto blízce příbuzných sekvencí v oblasti HBA1/HBA2. Dále jsou v kitu tři sondy detekující sekvence identické v HBA1 a HBA2 , a proto u většiny jedinců detekují čtyři kopie na buňku. V kitu je ještě 5 sond překrývajících centromerickou oblast HBA. Podrobnější popis nového kitu P140 je k dispozici na vyžádání.

• P437 Familiární MDS - AML

Zárodečné mutace v genech GATA2,TERC,TERT, CEBPA a RUNX1 byly prokázány, že jsou asociovány s familiární MDS - AML. Tento kit obsahuje alespoň jednu sondu pro každý exon z těchto výše uvedených genů a také dvě specifické sondy pro mutace GATA2 R398W a T354M, které jsou běžně nalézány u pacientů s MonoMAC .

• X057 Difuzní velkobuněčný B - lymfom

Kit SALSA MLPA X057 - A1 DLBCL obsahuje sondy pro následující oblasti: 2p (REL, PUS10), 3p (FOXP1), 3q (NFKBIZ, BCL6 ), 6q (PRDM1, TNFAIP3), 9p (JAK2, PDCD1LG2, CDKN2A / B), 10q (PTEN), 12q (MDM2), 13q (MIR17HG, ING1), 17p (TP53), 18q (BCL2 , NFATC1), 19q (SPIB). Dále kit obsahuje specifickou sondu pro jednu mutaci v genu MyD88 (c.794T > C, L265P).

• X060 MDS - AML

Při stanovení specifických subtypů a prognózy u myelodysplastického syndromu (MDS) a akutní myeloidní leukémie (AML) vedle morfologického a cytochemického vyšetření hraje důležitou roli také molekulárně genetická analýza. Kit X060 - A1 MDS-AML obsahuje 40 sond pro 12 chromozomálních oblastí, ve kterých dochází ke změnám počtu kopií u pacientů s MDS a AML, jako například: 4q (TET2), 5q (CTNNA1, NPM1), 6p (JARID2), 7p (IKZF1) a 7q (CUX1, MLL5, EZH2), 11q (ATM, MLL - sondy se nachází v oblasti PTD), 12p (ETV6, AEBP2), 17p (TP53) a 17q (NF1, SUZ12), 20q (ASXL1), 21q (RUNX1, U2AF1). Tento kit také detekuje 8 somatických mutací opakovaně vyskytujících se u těchto myeloidních malignit: DNMT3A (R882H), IDH1 (R132H a R132C), IDH2 (R140Q), SF3B1 (K700E), FLT3 (D835Y), NPM1 (W288fs * 12) a ASXL1 (G646fs * 12).