Přečtěte si vše o nových MLPA kitech

SALSA® MLPA® probemix P060-B2 SMA

Tento kit je určený k použití s kitem SALSA® MLPA® EK1 (100 reakcí) nebo EK5 (500 reakcí). Slouží pro in vitro diagnostiku (IVD) nebo pouze pro výzkumné účely (RUO) a detekuje změny v počtu kopií exonů 7 a 8 SMN1 a SMN2 u přenašečů spinální muskulární atrofie (neuromuskulární porucha charakterizovaná degenerací buněk předních míšních rohů, která vede k symetrické svalové slabosti a atrofii).

SALSA MLPA EK20 reagent kit

• EK20-FAM: SALSA MLPA EK20 reagent kit (2 000 reakcí)

Kit je určen pro použití v kombinaci s SALSA^® MLPA^® a MS-MLPA^® sondami. Tento kit je k dispozici pouze s fluorescenčním barvivem FAM a je vyvinut pro vysokovýkonné MLPA analýzy.

Žádná z těchto složek není odvozena od lidí, zvířat nebo patogenních bakterií. Na základě
obsažených koncentrací není žádná ze složek nebezpečná - jak je definováno ve sdělení Hazard Communication Standard. Bezpečnostní list není potřeba -  žádný z přípravků neobsahuje nebezpečné látky (podle směrnice 67/548 / EHS a změny) v koncentracích, které vyžadují distribuci bezpečnostního listu (podle směrnice 1999/45 / EHS, 2001/58 / EHS). Prohlášení "Bezpečnostní list není potřebný" najdete případně na webových stránkách mlpa.com. Můžete ho použít pro MLPA sondy a reagenční kity.

Skladování a trvanlivost

Všechny součásti reakčního kitu SALSA^® MLPA^® musí být přímo po doručení uloženy při teplotě -15 °C až -25 °C ve tmě a v původním obalu. Pokud se skladují za doporučených podmínek, je zaručena trvanlivost minimálně 1 rok. Podívejte se, prosím, na popisky na každé lahvičky, kde je uvedeno datum expirace každého činidla. Reagencie nesmí být vystaveny více než 25 cyklům zmrazení a rozmrazení.

Potřebný materiál, který není součástí kitu: Kalibrovaný termocykler s vyhřívaným víkem, přístroj kapilární elektroforézy a jiné laboratorní vybavení dle potřeby. (Self-made) (MS) MLPA probemix je potřeba pro provedení MLPA.

Bezpečnostní opatření a varování

Pouze pro profesionální použití. Vždy si před použitím pročtěte nejnovější popis produktu a MLPA nebo MS-MLPA obecný protokol  . Je odpovědností uživatele, aby se seznámil s nejnovějšími vědeckými poznatky, než bude vyvozovat závěry z výsledků získaných s tímto produktem.

Související SALSA® MLPA® produkty

• EK1-FAM* a EK5-FAM*: MLPA reagenční kity pro 100 a 500 reakcí (* Primery s následujícími fluorescenčními barvivy jsou také k dispozici: Cy5, IRD800, ROX, bez značení).

SALSA MLPA P448 PARD3

Intragenové delece v genu PARD3 byly detekovány u dlaždicových karcinomů jícnu, hlavy a krku, plic, a také u glioblastomů. Kromě toho, ztráta PARD3 zřejmě podporuje tvorbu metastáz u rakoviny prsu a onkogenezi. Tento kit obsahuje sondy pro každý exon genu PARD3 v 10p11.21. Navíc, do kitu bylo zahrnuto pět sond pro hraniční oblasti genu PARD3 pro stanovení rozsahu změn v počtu kopií.

• Bonastre E. a kolektiv (2015). PARD3 inactivation in lung squamous cell carcinomas impairs stat3 and promotes malignant invasion. Cancer Res. 75(7):1287-97.

SALSA MLPA P458

Tento kit obsahuje 46 sond pro následující geny, které mají diagnostický a / nebo klinický význam u rakoviny žaludku: PIK3CA (3q26), EGFR (7p11), CDK6 (7q21), MET (7q31), GATA4 (8p23), FGFR1 (8p11), MYC (8q24), PTP4A3 (8q24), FGFR2 (10q26), CCND1 (11q13), KRAS (12p12), KLF5 (13q22), ERBB2 (17q12), TOP2A (17q21), GATA6 (18q11), CCNE1 (19q12).

SALSA MLPA P466 CDC73

Zárodečné inaktivační bodové mutace a delece v genu CDC73 (také známý jako HRTP2) jsou zodpovědné za syndrom hyperparatyreózy asociované s tumory čelisti. Aberace CDC73 jsou také detekovány u familiární primární hyperparatyreózy. Tento kit obsahuje sondy pro každý exon genu CDC73 (dvě sondy pro exon 17), jednu sondu pro B3GALT2 gen, který je umístěn v obrácené orientaci v intronu 10 genu CDC73, a pět sond pro hraniční oblasti genu CDC73 pro stanovení rozsahu změn v počtu kopií.

SALSA MLPA P458 Gastric cancer

• aplikace: nádor žaludku
• oblast: různé
• verze: B1

Rakovina žaludku je agresivní onemocnění s celkovým 5letým přežitím ~ 20 %. A je to v pořadí druhý nádor (po rakovině plic) s nejvyšší roční úmrtností na rakovinu. Klinický výsledek u pacientů s nádorem žaludku se postupně zlepšuje, avšak prognóza pacientů s pokročilou fázi je stále velkým zklamáním. Část karcinomů žaludku nese amplifikaci určitých receptorových tyrosin kináz (RTK), např. ERBB2, FGFR2, KRAS a MET, které jsou spojeny s progresí rakoviny žaludku. Inhibitory těchto RTK jsou již k dispozici a mohou být účinně použity v cílené léčbě u pacientů s karcinomem žaludku. Tento kit zahrnuje sondy pro nejdůležitější genomické změny, které by mohly být použity jako prediktivní biomarkery, nebo jako markery pro rezistenci nebo citlivost u cílené léčby karcinomu žaludku.

Tento P458-B1 kit obsahuje 46 sond pro následující geny, které jsou navrženy jako diagnosticky a/nebo klinicky významné u karcinomu žaludku:

Navíc, 15 referenčních sond bylo zahrnuto do tohoto kitu pro detekci autozomálně chromozomálních míst, které jsou relativně stabilní v počtu kopií u rakoviny žaludku. Je však třeba uvést, že karyotypy u nádoru žaludku mohou skrývat více numerických a strukturálních aberací, což může komplikovat interpretaci těchto referenčních sond.

Tento SALSA^® MLPA^® kit je určen pro detekci změn v počtu kopií jedné nebo více sekvencí ve výše uvedených genech ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35-50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Všimněte si, že mutace nebo polymorfismu v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace! Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách. Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme žádné informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány.

SALSA MLPA P448 PARD3

• aplikace: PARD3
• oblast: 10p11.21-p11.22
• verze: B1

Proteiny PARD, které byly poprvé identifikovány v C. elegans, jsou nezbytné pro asymetrické buněčné dělení a polarizovaný růst. Intragenové mikrodelece v PARD3 genu byly detekovány u dlaždicových karcinomů jícnu, hlavy a krku, plic, ale také u glioblastomů (Rothenberg SM a kolektiv 2010, Cancer Res 70:2158-64). Kromě toho, ztráta genu PARD3 podporuje metastáze u nádoru prsu a onkogenezi, a to snížením koheze mezi buňkami a inhibicí stability zajištěnou spojovacím proteinem E-kadherinem (B Xue a kolektiv 2013, Nat Cell Biol. 15:189-200). Ve studii Bonastre E a kolektiv (2015), byly změny PARD3 nalezeny u 8 % dlaždicových karcinomů plic (LSCC), což zařadilo PARD3 mezi nejčastěji postižené tumor-supresorové geny u této malignity. Tato studie ukazuje, že deaktivace PARD3 podporuje agresivitu nádoru a tvorbu metastáz prostřednictvím poškození STAT3 (Bonastre E a kolektiv 2015, Cancer Res, 75:1287-1297).

Tento P448-B1 PARD3 kit obsahuje sondy pro každý exon genu PARD3 na 10p11.21. Navíc, pět sond bylo zahrnuto do přilehlé oblasti genu PARD3, což pomáhá stanovit rozsah změny v počtu kopií. Dále je v kitu zahrnuto 15 referenčních sond, které jsou umístěny v oblastech genomu, jež jsou ve většině typů nádorů relativně stabilní (bez defektů). Je však třeba uvést, že nádorové genomy mohou skrývat více numerických a strukturálních aberací, což může komplikovat interpretaci těchto referenčních sond.

Tento SALSA^® MLPA^® kit je určen pro detekci změn v počtu kopií jedné nebo více sekvencí ve výše uvedených genech ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35-50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Všimněte si, že mutace nebo polymorfismu v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace! Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách. Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme žádné informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány.

SALSA MLPA P459 SERPINA1 probemix

• aplikace: Alpha-1-antitrypsin (AAT)-deficience
• oblast: 14q32.13
• verze: A1

Popis

Alpha-1 antitrypsinu (AATD) je autosomálně recesivní onemocnění, charakterizované zvýšeným rizikem chronické obstrukční plicní nemoci (COPD) u dospělých a jaterního onemocnění u dětí i dospělých. Mimo jiné, může vést k cirhóze a panikulitidě. Defekty v SERPINA1 genu na chromozomu 14 jsou hlavní příčinou AATD. Protein kódovaný tímto genem je alfa-1-antitrypsin (AAT), také známý jako inhibitor proteázy (PI). Nejdůležitější role AAT je inhibice neutrofilní elastázy, což je proteáza degradující elastin v alveolárních stěnách a degraduje i další strukturní proteiny v různých tkáních. Defekty v SERPINA1 genu mohou vést k poškození tkáně v důsledku nekontrolované aktivity elastázy.

Gen SERPINA1 (7 exonů) pokrývá ~ 13,9 kb genomové DNA a je umístěn na 14q32.13, 94,8 Mb od p-telomery. P 459-A1 kit obsahuje jednu sondu pro každý exon genu, dvě sondy pro exon 4 a jednu sondu pro intron 2.
Kromě toho, 12 referenčních sond je obsaženo v tomto kitu pro detekci několika oblastí na různých autozomálních chromozomech.

SALSA MLPA P465 ACADM probemix

• aplikace: Medium-chain acyl-CoA dehydrogenase (MCAD) deficience
• oblast: 1p31.1
• verze: A1