Kity standardně v prodeji

SALSA MLPA P452 PLS3

• aplikace: Osteogenesis imperfecta
• oblast: Xq23
• verze: A1

V nedávné době van Dijk et al (NEJM, 2013) identifikovali pět rodin s negativní analýzou COL1A1 / 2, ale s aberací v genu PLS3. Tito pacienti s X-vázanou osteoporózou a zlomeninami byly předány k potvrzení nebo vyloučení osteogenesis imperfecta typu I.

Gen PLS3 (16 exonů, isoforma 1) pokrývá ~ 90 kb genomové DNA a je umístěn na Xq23, 115 Mb od p-telomery. Kit P452-A1 obsahuje jednu sondu pro každý exon genu PLS3 a jednu další sondu pro exony 1 a 16. Dvě sondy jsou součástí pro detekci transkripční varianty 3 exonu 1 (NM_001172335.2). Kromě toho, 8 referenčních sond je zahrnuto v tomto kitu pro detekci několika různých míst na X-chromozomu.

Tento SALSA^® MLPA^® kit je určen pro detekci delecí/duplikací jedné nebo více sekvencí v genu PLS3 ve vzorku DNA. Delece v cílové sekvenci pro sondu na X chromozómu povede k úplné absenci odpovídajícího amplifikačního produktu u mužů, zatímco heterozygotní ženy budou rozpoznatelné díky snížení relativní plochy píku o 35 - 50 %. Všimněte si, že mutace nebo polymorfismu v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace! Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách.

Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány.

SALSA MLPA P457 DHCR7

• aplikace: Smith–Lemli–Opitz syndrom
• oblast: 11q13
• verze: A1

Smith-Lemli-Opitz syndrom (SLOS, MIM 270400) je autozomálně recesivní syndrom, který se fenotypově projevuje mentální retardací, dysmorfismem obličeje, syndaktylií druhého a třetího prstu a holoprosencefalií. Defekty v genu pro 7-dehydrocholesterol reduktázu (DHCR7) jsou hlavní příčinou SLOS. Protein kódovaný tímto genem je 7-dehydrocholesterol reduktáza, která hraje roli jako katalyzátor v konečném kroku biosyntézy cholesterolu. Defekty v DHCR7 mají za následek abnormality v metabolismu cholesterolu.

Gen DHCR7 (9 exonů) pokrývá ~ 14 kb genomové DNA a je umístěn na 11q13.4, 71 MB od p-telomery. Kit P457-A1 obsahuje jednu sondu pro každý exon genu a tři sondy pro exon 9. Kromě toho, 12 referenčních sond je zahrnuto v tomto kitu pro detekci několika různých míst na autozomálních chromozomech.Databáze genomových variant zmiňuje několik změn v počtu kopií této oblasti genomu, které byly nalezeny u zdravých jedinců.

Tento SALSA^® MLPA^® kit je určen pro detekci změn v počtu kopií jedné nebo více sekvencí ve výše uvedených genech ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35 - 50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Všimněte si, že mutace nebo polymorfismu v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace! Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách.

Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků.

SALSA MLPA ME033 TNDM

• aplikace: Transientní neonatální diabetesmellitus
• oblast: 6q24
• verze: A1

Transientní neonatáln diabetesmellitus (TNDM) je forma diabetu, která se vyskytuje u dětí a je charakterizována těžkou retardac ínitroděložního růstu, hyperglykémií, dehydratací a absencí ketoacidózy. Přibližně 70 % transientního diabetu u novorozenců je spojeno s chromozomální oblastí 6q24. Hyperaktivita jednoho z otcovsky exprimovaných imprintovaných genů vt éto oblasti, PLAGL1, je kauzální příčinou 6q24-asociovaným TNDM. ME033-A1 kit je určen k detekci některé z příčin TNDM, zejména pro změny počtu kopií a metylace v6q24.

Tento MLPA kit obsahuje 28 specifických sond:

• 8 sond pro PLAGL1 (6q24.2)
• 4 sondy pro ZC2HC1B (umístěné těsnězaPLAGL1)
• 7sond pro jiné geny v 6q24/6q25 oblasti
• 4 sondy pro gen ZFP57 (6p22.1)
• 3 sondy pro INS (11p15.5)
• 2 sondy pro KCNJ11 (11p15.1)
• 1 sonda s HhaI rozpoznávacím místem. Toto místo je nemetylované u většiny kontrolních vzorků DNA pocházejících z krve. Z tohoto důvodu není generován signál po HhaI štěpení u normálních kontrol a sonda může být použita pro ověření úplného štěpení enzymem HhaI (kontrolní sonda štěpení).
• 10 referenčních sond, které detekují geny umístěné mimo cílové oblasti

3 hlavní příčiny TNDM:

1. Paternální uniparentální disomie chromozómu 6. To představuje přibližně 40 % případů s 6q24 - asociovaným TNDM a tato disomie může být detekována pomocí 3 sond pro změny metylace promotorové oblasti genu PLAGL1. Sondy mají Hha 1 štěpící místo. Tyto tři sondy detekují imprintovanou oblast genomu: jedna alela je metylovaná, druhá je nemetylovaná u normálních kontrolních vzorků. Ve srovnání s referenčními sondami, které neobsahují místa pro HhaI, signál MS - MLPA sond v imprintované oblasti, se sníží o 50 % při HhaI štěpení DNA vzorků od normálních jedinců.

2. Duplikace 6q24 na otcovské alele. To také odpovídá za 40 % případů s 6q24 - asociovaným TNDM a duplikace může být detekována změnou počtu kopií specifických sond pro PLAGL1 a jedné nebo více jiných 6q24 sond.

3. Hypometylace maternálně odlišné exprimované oblasti (DMR). To představuje přibližně 20 % případů s 6q24 - asociovaným TNDM a mohou být detekovány změnou metylace tří sond v PLAGL1 promotorové oblasti, které mají místo Hha1. Přibližně polovina případů hypometylace je kvůli defektu ZFP57 genu. V ME033 kitu jsou čtyři ZFP54 specifické MLPA sondy, které detekují změny v počtu kopií tohoto genu. Recesivní mutace tohoto genu byly identifikovány u některých pacientů s TNDM.

Tento SALSA MS - MLPA kit může být použit pro detekci aberantní metylace jedné nebo více sekvencí TNDM genů. Metylační úrovně se mohou lišit u různých tkání. Použijte DNA odvozenou ze stejného typu tkáně a izolovanou stejnou metodou jako referenční vzorek. Kit může být také použit k detekci delece / duplikace jedné nebo více sekvencí ve výše uvedených genech ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35 - 50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku).

Všimněte si, že mutace nebo polymorfismus v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace! Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách. Z tohoto důvodu by delece a duplikace zjištěné MLPA měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků.

SALSA MLPA P434 Heterotaxy

• aplikace: Heterotaxie
• oblast: ZIC3 Xq26.3, CFC1 2q21.1, ACVR2B 3p22.2, NODAL 10q22.1
• verze: A1

Lidská heterotaxie je syndrom charakterizovaný širokým spektrem srdečních a extrakardiálních vrozených vad, které jsou v první řadě vyvolané poruchami determinace osy zleva doprava během časného embryonálního vývoje (Shiraishi etal2012). Některé geny jsou nyní zapojeny do patogeneze heterotaxie a souvisejících izolovaných vrozených srdečních vad. Studie ukazují, že heterotaxie může být způsobena mutacemi jednoho genu, ale také ukazují výskyt velké lokusové heterogenity.

• X-vázaná hetrotaxie-1 (HTX1) je způsobena mutacemi v genu ZIC3.
• Viscerální heterotaxie-2 (HTX2) je způsobena heterozygotními mutacemi v genu CFC1.
• Viscerálníheterotaxie-4 (HTX4) je způsobena heterozygotními mutacemi v genu ACVR2.
• Baviscerální heterotaxie-5 (HTX5) je způsobena heterozygotními mutacemi v genu NODAL.

Kit P434-A1 obsahuje:

• 1 sondu pro každý exon genů ZIC3, ACVR2B a NODAL.
• 4 sondy pro 3 různé exony v CFC1 genu. Upozorňujeme, že CFC1 je téměř zcela totožný s CFC1B, žádné sondy nemohou být navrženy specificky pouze pro CFC1. Proto tyto sondy detekují oba geny a heterozygotní delece jednoho z genu bude mít za následek snížení signálu o přibližně 75 %.
• 8 referenčních sond, které detekují několik různých oblastí na autozomálních chromozómech.

SALSA ® MS - MLPA ® kit může být také použit k detekci delece/duplikace jedné nebo více sekvencí ve výše uvedených genech ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35 - 50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Delece v cílové sekvenci pro sondu na X chromozómu povede k úplné absenci odpovídajícího amplifikačního produktu u mužů, zatímco heterozygotní ženy budou rozpoznatelné díky snížení relativní plochy píku o 35 - 50 %. Všimněte si, že mutace nebo polymorfismu v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace!

Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách. Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány.

SALSA MLPA P447 HPRT1

• aplikace: Lesch-Nyhanův syndrom
• oblast: Xq26.1
• verze: A1

Lesch-Nyhanův syndrom (LN) je vzácná, vrozená, X-vázaná metabolická porucha. Defekty v HPRT1 genu na chromozómu Xq26.2-q26.3 jsou hlavní příčinou LN. Protein kódovaný tímto genem je hypoxantin-guanin fosforibosyl-transferáza (HPRT), tento enzym hraje klíčovou roli v purinovém a pyrimidinovém metabolismu. V nepřítomnosti HPRT, puriny hypoxantin a guanin nejsou zabudovány do nukleotidů. Hladiny kyseliny močové jsou abnormálně vysoké u jedinců s LN syndromem a močové krystaly se abnormálně hromadí v kloubech a ledvinách. GenHPRT1 (9 exonů) pokrývá ~40,5 kb genomové DNA a je umístěn na Xq26.2-q26.3, 133,6 Mb odp-telomery.

Kit P447-A1 obsahuje:

• 2 sondy pro každý exon genu
• 4 doprovodné sondy: patří k nim 2 sondy progen PHF6 – před genem HPRT1 a 2 sondy pro gen PLAC1 – za genem HPRT1
• 10 referenčních sond, které detekují několik různých míst na chromozómu X

SALSA ® MS - MLPA ® kit může být také použit k detekci delece/duplikace jedné nebo více sekvencí ve výše uvedených genech ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35 - 50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Delece v cílové sekvenci pro sondu na X chromozómu povede k úplné absenci odpovídajícího amplifikačního produktu u mužů, zatímco heterozygotní ženy budou rozpoznatelné díky snížení relativní plochy píku o 35 - 50 %. Všimněte si, že mutace nebo polymorfismus v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace!

Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách. Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány.

SALSA MLPA P415 COL7A1-KRT5

• aplikace: Dědičná epidermolysis bullosa
• oblast: 3p21.31 COL7A1, 12q13.13 KRT5
• verze: A1

Defekty v genu COL7A1 jsou hlavní příčinou dystrofické epidermolysis bullosa. COL7A1 mutace mění strukturu nebo narušují produkci kolagenu typu VII, což poškozuje jeho schopnost napomáhat připojení epidermis k dermis. Pokud kolagen typu VII je abnormální nebo chybí, tření nebo jiné menší trauma může vést k oddělení těchto dvoukožních vrstev. Gen COL7A1 (118 exonů) pokrývá~31 kb genomové DNA a je lokalizován na chromozómu 3p21.31, 49 Mb odp-telomery.

Kit P415-A1 obsahuje:

• 29 sond pro COL7A1
• 1 sondu pro každý exon KRT5.
• 10 referenčních sond, které detekují několik různých oblastí na autozomálních chromozómech

SALSA ® MS - MLPA ® kit může být také použit k detekci delece/duplikace jedné nebo více sekvencí ve výše uvedených genech ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35 - 50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Delece v cílové sekvenci pro sondu na X chromozómu povede k úplné absenci odpovídajícího amplifikačního produktu u mužů, zatímco heterozygotní ženy budou rozpoznatelné díky snížení relativní plochy píku o 35 - 50 %. Všimněte si, že mutace nebo polymorfismus v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace!

Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách. Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány.

SALSA MLPA P344 SULT1A1

• aplikace: detekce aberantního počtu kopií genu SULT1A1 ve vzorcích lidské DNA

Sulfátová konjugace je katalyzována cytosolickými sulfotransferázami (SULT). Zejména SULT1A1 je zapojena do hlavního metabolismu léků u člověka (Hebbring SJ et al. 2008, Cytogenet. Genome Res. 123:205-10). Cytosolická SULT genová rodina u člověka zahrnuje 13 různých genů. Gen SULT1A1 je jedním z nejdůležitějších členů, protože je exprimován v různých lidských tkáních. Bylo prokázáno, že hraje důležitou roli v biotransformaci velkého počtu léků a estrogenových hormonů.

Vysoký stupeň variability v počtu kopií genu SULT1A1 byl popsán a počet kopií se pohybuje v rozmezí 1 - 5. Mezi různými populacemi je výrazná variabilita v rozložení počtu kopií. Ve vzorcích jaterních biopsií bylo zjištěno, že počet kopií genu SULT1A1 u jedince souvisí s enzymatickou aktivitou proteinu SULT1A1.

SALSA MLPA P431 FOXF1

• aplikace: FOXF1, který je spojen s alveolární kapilární dysplazií s atypickým uložením plicních žil (ACD/MPV)

U pacientů s ACD/MPV, vzácným onemocněním plic, byly identifikovány 4 různé heterozygotní mutace v kandidátním genu FOXF1 a překrývající se mikrodelece, které zahrnovaly cluster genů pro FOX transkripční faktory na chromozómu 16q24.1-q24.2.

Kit P431 obsahuje:

• sondy pro každý exon genu FOXF1 a také sondy pro sekvence lokalizované před genem
• 10 sond pro SDR (shared deletion region) oblast o délce 75 Mb, která se nachází 257kb před genem FOXF1
• 4 sondy pro 1505bp regulační fragment 1a (RF1a) lokalizovaný v SDR 

SALSA MLPA P443 KANSL1

• aplikace: počet kopií KANSL1
• oblast: 17q21.31
• verze: A1

V prvé řadě vezmeme v potaz základní charakteristiku oblasti aplikace u tohoto kitu. Mikrodeleční syndrom 17q21.31 se vyznačuje vývojovou retardací, dětskou hypotonií, dysmorfismem, vrozenými vadami a poruchami chování. Celkovou psychomotorickou vývojovou retardaci pozorujeme u všech jedinců od útlého věku. Většina jedinců s mikrodelečním syndromem 17q21.31 trpí mírným až středním mentálním postižením. Mezi další symptomy patří epilepsie, vrozené vady srdce, ledvin a urologické anomálie a kryptorchismus.

Co obsahuje kit P443-A1:

• sondy pro každý exon genu KANSL 1 (s výjimkou exonu 12)
• sondy pro exony 2, 3, 4, 15
• 4 centrometrické sondy pro gen KANSL 1 (2 z nich jsou umístěny v genu MAPt a dvě v CRHR1)
• sondu pro transkripční variantu 2 exonu 1
• 10 referenčních sond pro detekci několika různých oblastí na autozomálních chromozómech

SALSA MLPA P435 FLNB

• aplikace: Atelosteogenesis, Boomerang dysplazia, AD Larsen Syndrom
• oblast: 3p14.3 FLNB
• verze: A1

Mutace v genu FLNB byly nalezeny u atelosteogenesis typu 1 a 3, Boomerang dysplazie, autosomálně dominantního Larsen syndromu a syndromu spondylokarpotarsalní synostózy. FLNB leží na chromozómu 3 a kóduje protein pro cytoplazmatický filamin B. Tento Filamin B je zodpovědný za regulaci cytoskeletu, váže se s aktinem, spojuje buněčnou membránu s cytoskeletem a reguluje intracelulární signální dráhy odpovědné za vývoj kostry.

Co obsahuje kit P435-A1:

• jednu sondu pro každý exon genu (s výjimkou exonů 2, 5, 26, 37, 39, 42)
• 10 referenčních sond pro detekci několika různých oblastí na autozomálních chromozómech

SALSA MLPA P431 FOXF1

• aplikace: Alveolární kapilární dysplazie
• oblast: 2p24.3 (MYCN) a 16q24.1 (FOXF1, FOXC2, FOXL1)
• verze: A1

Alveolární kapilární dysplazie s atypickým uložením plicních žil (ACD/MPV) je vzácné, neonatální a letální onemocnění plic. U pacientů s ACD/MPV byly identifikovány čtyři různé heterozygotní mutace v kandidátním genu FOXF1. Rovněž byly detekovány překrývající se mikrodelece, které zahrnovali cluster genů pro FOX transkripční faktory na chromozómu 16q24.1-q24.2.

Feingold syndrom (FS) je vzácné autozomálně dominantní dědičné onemocnění, které se vyznačuje mikrocefalií, malformacemi končetin, atrézií jícnu a jinými malformacemi. Defekty (haploinsuficience, mutace, (mikro) delece) v proto-onkogenu MYCN na chromozómu 2p24.3 jsou hlavní příčinou FS. Gen MYCN je členem MYC rodiny a kóduje transkripční faktor N-myc (mimo jiné reguluje řadu cílových genů zapojených do buněčného cyklu).

dále 13 referenčních sond pro detekci několika různých oblastí na autozomálních chromozómech

SALSA MLPA P437 Familial MDS-AML

• aplikace: Familiární MDS-AML
• oblast: RUNX1, CEBPA, GATA2, TERT, TERC
• verze: A1

Co obsahuje kit P437-A1 Familial:

• 42 sond pro detekci odchylek v počtu kopií u genů: GATA2 (3q21.3), TERC (3q26.2), TERT (5p15.33), CEBPA (19q13.11) a RUNX1 (21q22.12) (diagnosticky významné u familiární MDS-AML)
• 2 specifické sondy pro bodové mutace v GATA2 (1061C> T a 1192C> T)
• 13 referenčních sond pro detekci několika různých oblastí na autozomálních chromozómech

SALSA MLPA P344 SULT1A1

• aplikace: počet kopií SULT1A1
• oblast: 16p11.2
• verze: C1

P344 slouží k detekci aberantního počtu kopií genu SULT1A1 ve vzorcích lidské DNA. Sulfátová konjugace je katalyzována cytosolickými sulfotransferázami (SULT). Především SULT1A1 je zapojena do hlavního metabolismu léků u člověka. Cytosolická SULT genová rodina u člověka zahrnuje 13 různých genů. Jedním z nejdůležitějších členů je gen SULT1A1, neboť je exprimován v různých lidských tkáních a hraje důležitou roli při biotransformaci velkého počtu léků a estrogenových hormonů. Počet kopií genu SULT1A1 se pohybuje v rozmezí 1 - 5.

Gen SULT1A1 vykazuje vysokou sekvenční homologii s geny SULT1A2, 1A3 a 1A4 a je umístěn na chromozómu 16p11.2 v clusteru s těmito geny. Geny SULT1A1 a SULT1A2 jsou umístěny vedle sebe v tandemové orientaci a částečně se překrývají. Gen SULT1A4 je umístěn 850 kb a gen SULT1A3 1600kb centromericky od SULT1A1.

Co obsahuje kit P344-C1:

• 2 sondy pro exony 1 a 2 transkripční varianty 5
• jednu sondu pro každý exon transkripční varianty 1 (s výjimkou exonu 2)
• 11 referenčních sond pro detekci několika různých oblastí na autozomálních chromozómech

SALSA MLPA P440 F10 + F11

• aplikace: Deficience faktoru X; Rosenthal syndrom
• oblast: 4q35.2 a 13q3
• verze: A1

Deficience faktoru X  a XI (Rosenthal syndrom) jsou dva typy dědičných autozomálně recesivních onemocnění, která jsou charakterizovaná krvácivými stavy různé závažnosti. Defekty v genu F10 na chromozómu 13q34 jsou hlavní příčinou nedostatku faktoru X. Vitamín K -dependentní protein kódovaný tímto genem je koagulační faktor X. Defekty v genu F11 na chromozómu 4q35 jsou hlavní příčinou nedostatku faktoru XI. Protein kódovaný tímto genem je koagulační faktor XI.

Co obsahuje kit P440-A1:

• jednu sondu pro každý exon z níže uvedených genů
• dvě sondy pro exon 1 obou genů
• 13 referenčních sond pro detekci několika různých oblastí na autozomálních chromozómech

Obsah kitů

Kity P351-C1 / P352-D1 PKD1-PKD2 obsahují PKD1 sondy pro 36 z 46 exonů a 17 PKD2 sond pokrývající všechny exony PKD2 s výjimkou exonu 13. Dvě sondy jsou přítomné pro PKD2 exony 1, 2 a 6. Kromě toho, 3 sondy jsou přidány do kitu P351 pro TSC2 gen, který se nachází za PKD1 a 11 referenčních sond je zahrnuto v každém kitu pro detekci několika různých autozomálně chromozomálních oblastí. Upozorňujeme, že tyto kity P351 a P352 se liší od kitů používaných v článku Consugar, MB a kolektiv (2008, Kidney Int 74: 1468-1479) a Kozlowski, P.a kolektiv (2008, Genomics 91: 203-208). Podle Consugar a kolektiv značná část PKD1 delecí jsou mozaikové případy. Jedná se o náročné případy pro detekci, protože signály MLPA sond ukážou pouze malé snížení u vzorků s mozaikou.

SALSA MLPA P255 ALDOB-FBP1

• aplikace: intolerance fruktózy
• oblast: ALDOB FBP1 9q21
• verze: B1

Obsah kitu

Gen ALDOB (9 exonů) pokrývá ~ 15,2 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 9q21, 104,2 Mb od p-telomery. Kit P255 ALDOB obsahuje sondy pro každý exon genu, včetně dvou sond pro specifické mutace (A149P; A174D). Upozorňujeme, že sonda pro specifickou mutaci A149P může vykazovat malý pík, i když mutace není přítomna. Sonda pro specifickou mutaci A174D bude generovat pouze signál, je-li přítomna mutace. Kromě toho, 10 referenčních sond je zahrnuto v kitu pro detekci různých autozomálně chromozomálních oblastí.

SALSA MLPA P260 PALB2-RAD50-RAD51C-RAD51D

• aplikace: Fanconiho anémie
• oblasti: 5q31, 16p12, 17q12, 17q22
• verze: B1

Obsah kitu

• Gen PALB2 (13 exonů) pokrývá ~ 38kb genomové DNA a je umístěn na 16p12.2, ~ 24 Mb od p-telomery. Kit  P260-B1 obsahuje jednu sondu pro každý exon PALB2 genu.
• Gen RAD50 (25 exonů) pokrývá ~ 88kb genomové DNA a je umístěn na 5q31.1, ~ 132 Mb od p-telomery. Kit P260-B1 obsahuje sondy pro osm různých exonů RAD50 genu.
• Gen RAD51D (10 exonů) pokrývá ~ 20 kb genomové DNA a je umístěn na 17q12, ~ 33 Mb od p-telomery. Kit P260-B1 obsahuje jednu sondu pro každý exon genu RAD51D.
• Gen RAD51C (9 exonů) pokrývá ~ 42 kb genomové DNA a je umístěn na 17q22, ~ 57 Mb od p-telomery. Kit P260-B1 obsahuje jednu sondu pro každý exon RAD51C genu.

Kromě toho, do kitu je zahrnuto 10 referenčních sond pro detekci několika různých autozomálně chromozomálních oblastí.

Obsah kitů

• Gen PARK7 (7 exonů) pokrývá 24 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 1p36.23, ~ 8 Mb od p-telomery. Kit P051-D1 obsahuje jednu sondu pro každý exon PARK7 genu, jednu sondu proti směru exonu 1 a jednu přilehlou sondu pro gen TNFRSF9, který se nachází 22 kb od p-telomery genu PARK7.
• Gen ATP13A2 (29 exonů) pokrývá 26 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 1p36.13, ~ 17 Mb od p-telomery. Kity P051-D1 a P052-D1 obsahují dvě sondy pro ATP13A2 gen, ale pokrývají různé exony.
• Gen PINK1 (8 exonů) pokrývá 18 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 1p36.12, ~ 21 Mb od p-telomery. Kit P051-D1 obsahuje jednu sondu pro každý exon genu PINK1.
• Gen UCHL1 (9 exonů) pokrývá 12kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 4p13, ~ 41 Mb od p-telomery. Kit P052-D1 obsahuje jednu sondu pro každý exon genu UCHL1.
• Gen SNCA (PARK1)(6 exonů) pokrývá ~ 114 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 4q22.1, ~ 91 Mb od p-telomery. Kit P051-D1 obsahuje jednu sondu pro každý exon genu SNCA, stejně jako jednu specifickou sondu pro mutaci SNCA A30P.
• Gen PARK2 (Parkin)(12 exonů) pokrývá 1380 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 6q26, ~ 162 Mb od p-telomery. Oba kity P051-D1 a P052-D1 obsahují jednu odlišnou sondu pro každý exon PARK2 genu. Kromě toho, kit P051-D1 obsahuje jednu sousedící sondu pro gen LPA, který se nachází 0,8 Mb od q-centromery genu PARK2. A konečně, kit P052-D1 obsahuje jednu sondu pro exon 1 PACRG genu, který je umístěn v intronu 1 genu PARK2. Vzhledem k tomu, že rozpoznávací sekvence některých sond se překrývají, nebylo možné zahrnout všechny PARK2 sondy do jednoho MLPA kitu. PARK2 je tumor supresorový gen, který je často deletován u různých rakovin, včetně nádorů plic, vaječníků a prsu. PARK2 je mapován v blízkosti FRA6E, jedno z nejaktivnějších a fragilních míst v lidském genomu.
• Gen LRRK2 (51 exonů) pokrývá 144kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 12q12, ~ 41 Mb od p-telomery. Kit P052-D1 obsahuje sedm sond pro různé LRRK2 exony. Kromě toho, kity P051, P052-D1 a D1 obsahují sondu, která bude generovat pouze signál, je-li přítomna mutace G2019S.
• Gen GCH1 (6 exonů) pokrývá 61 kb genomové DNA a je umístěn na chromozomu 14q22.2 ~ 55 Mb od p-telomery. Kit P052-D1 obsahuje jednu sondu pro každý exon GCH1 genu. Více GCH1 sond je přítomno v kitu P099 GCH1-TH-SGCE.

Kit P052-D1 také obsahuje 2 sondy pro CAV1 / 2 geny, které jsou umístěny na fragilních místech. Kromě toho, deset a jedenáct referenčních sond je zahrnuto v kitech P051-D1 a P052-D1 Parkinson pro detekci několika různých autozomálně chromozomálních oblastí.

SALSA MLPA ME042 CIMP základní výzkum

• aplikace: fenotyp metylovaných CpG ostrovů
• oblasti: různé
• verze: C1

Obsah kitu

Kit ME042-C1 CIMP MS-MLPA obsahuje 31 MS-MLPA sond, které detekují metylační status promotorové oblasti u těchto 8 genů: CACNA1G, CDKN2A, CRABP1, IGF2, MLH1, NEUROG1, RUNX3 a SOCS1. Promotorové oblasti těchto genů jsou nemetylované u DNA z krve zdravých jedinců, ale bylo publikováno, že jsou často methylováné u CpG Island Methylator Phenotype (CIMP) nádorů. Status u CIMP nádoru může být užitečný pro predikci odpovědi na léčbu a prognózou u kolorektálního karcinomu (Walther a kolektiv 2009, Nat Rev Cancer, 9:489-99). Kromě toho, jak ukazují nedávné studie, BRAF V600 aktivující mutace je těsně asociována s CIMP pozitivitou (Weisenberg DJ a kolektiv 2006, Nature Genet. 38: 787-93.), specifická sonda pro tuto mutaci je zahrnuta v kitu. Tato BRAF sonda bude generovat pouze signál, když je přítomna ve vzorku DNA mutace V600.

MLPA metoda je široce používána pro detekci aberantního počtu kopií sekvencí DNA. Pro detekci aberantní metylace je MLPA technika kombinována se štěpením hybridů DNA-sondy pomocí restrikční endonukleázy citlivé na metylaci- HhaI. Kromě sond MS-MLPA je do kitu zahrnuto 15 referenčních sond a tyto sondy nejsou ovlivněny HhaI štěpením a jsou relativní stabilní v počtu kopií u kolorektálního karcinomu. Kromě odhalování abnormální metylace, budou všechny sondy MS-MLPA poskytovat informace o změně v počtu kopií v analyzovaném vzorku. Součástí kitu je také jedna sonda pro kontrolu štěpení a ukazuje, zda štěpení restrikční endonukleazou v reakci MS-MLPA bylo kompletní.

SALSA MLPA P378 MUTYH

• aplikace: nádor střeva, nádor žaludku (hereditární)
• oblasti: 1p34 a15q13
• verze: C1

Obsah kitu

• Gen MUTYH (16 exonů) pokrývá ~ 11kb genomové DNA a je umístěn na 1p34.1, 45 Mb od p-telomery.
• Gen GREM1 (2 exony) pokrývá ~ 17 kb genomové DNA a je umístěn v 15q13.3.
• Gen SCG5 (6 exonů) pokrývá ~ 56 kb genomové DNA a nachází se hned vedle GREM1 na 15q13.3.

Kit P378-C1 obsahuje jednu sondu pro každý exon genu MUTYH. Dále také obsahuje sondy pro specifické mutace Y179C a G396D (bodové mutace). Pro GREM1, jsou zahrnuty dvě sondy pro každý exon, a navíc, dvě sondy pro oblast proti směru genu GREM1. Pro SCG5, sondy pro exony 2 až 6 jsou přítomny. Navíc, 14 referenčních sond bylo zahrnuto do kitu pro detekci různých autozomálně chromozomálních oblastí, které jsou relativně stabilní u nádorů žaludku a střeva.

SALSA MLPA P054 FOXL2-TWIST1

• aplikace: Oftalmogenetické anomálie
• oblasti: FOXL2 , TWIST1, FOXC1, FOXC2, ATR, PITX2, GPR143 
• verze: C1

Tento kit zahrnuje sondy pro geny TWIST1, FOXL2, FOXC1, FOXC2, ATR, PITX2, PISRT1 a GPR143 (bývalý OA1). Mutace v těchto genech mají za následek především oftalmogenetické anomálie. Vezměte prosím na vědomí, že GPR143 gen se nachází na X chromozomu.

TWIST1

Protein kódovaný genem TWIST1 může mít vliv na transkripci receptorů růstového faktoru fibroblastů (FGFR), genové rodiny zapojené do kraniosynostózy. Předpokládá se, že TWIST1 proteiny také regulují cytokinovou signalizaci. TWIST1 gen je umístěn na 7p21.1, obsahuje dva exony a pokrývá jen ~ 2,2kb. Mutace v genu TWIST1 jsou hlavní příčinou Saethre-Chotzen syndromu (SCS; MIM 101400). Odhaduje se, že 11 % pacientů s SCS má deleci jedné kopie genu TWIST1. Většina pacientů s delecí TWIST1 jsou vývojově opoždění, pravděpodobně v důsledku haploinsuficience blízkých genů. V kitu jsou zahrnuty dvě sondy pro gen TWISTNB, který se nachází ve vzdálenosti 590 kb od TWIST1 v této oblasti chudé na geny. Neexistuje zatím žádný jasný důkaz, že delece TWISTNB je příčinou vývojového opoždění.

FOXL2

Genový produkt FOXL2 je „forkhead“ transkripční faktor. Mutace v FOXL2 mohou způsobit Blefarofimózní syndrom (BPES; MIM 110100), což je autozomálně dominantní syndrom charakterizovaný malformací očních víček, někdy je spojený s předčasným selháním vaječníků (POF typu I) a někdy ne (POF typu II). FOXL2 gen je lokalizován na chromozomu 3q22.3 a skládá se z jediného 2,9kb exonu. Několik FOXL2 delecí bylo identifikováno. Alespoň jedna z těchto delecí překrývá několik Mb chromozomální DNA a může být rozšířena na gen ATR, který se nachází 3,6 Mb telomericky od FOXL2. Tři sondy pro ATR jsou zahrnuty v tomto kitu. Protein-nekódující gen PISRT1 je umístěn na 3q23 a sestává se z jediného 0,5kb exonu. PISRT1 se nachází 0,3 Mb telomericky od FOXL2 a sdílí společnou transkripční regulační oblast FOXL2.

Další geny v tomto kitu 

PITX2 (4q25, Riegerův syndrom, MIM 180500), GPR143 (bývalý OA1; Xp22.2; oční albinismus typ I) a „forkhead“ transkripční faktory FOXC1 (6p25.3) a FOXC2 (16q24.1). Kromě toho, v kitu je zahrnuto osm referenčních sond pro detekci několika různých míst na autozomálních chromozomech.

SALSA MLPA P070 Subtelomeres Mix 2B

• aplikace: Testování subtelomer
• oblast: Všechny subtelomery
• verze: B3

Klinické pozadí

Aberantní počet kopií subtelomerických regionů, např. v důsledku nebalancované translokace, je častou příčinou opožděného vývoje a vrozených vad. MLPA kit P070-B3 Subtelomeres Mix 2B je určen k identifikaci jedinců se změnou v počtu kopií jedné nebo více subtelomerických oblastí. Míra detekce silně závisí na souboru testovaných pacientů: Ahn et al. (2007) zjistili míru detekce 5,9 % při testování 455 pacientů; Stegmann a kol. (2008) získali míru detekce 3,9 % při testování souboru pacientů, ve kterém normální G-pruhování nezjistilo žádné abnormality. Všimněte si, že MLPA nemůže identifikovat balancované translokace a má nižší míru detekce než microarray analýza. Další informace získáte také zde .

Obsah kitu

P070-B3 Subtelomeres Mix 2B obsahuje 47 MLPA sond s amplifikačními produkty mezi 121 a 490 nt: 2 sondy pro každý chromozom a 1 sondu pro jedinečnou oblast chromozomu Y. 41 sond je umístěno v subtelomerických regionech. Žádné sondy nejsou přítomny pro subtelomerické oblasti 5 akrocentrických chromozomů (13, 14, 15, 21, 22). Pro tyto chromozomy je zahrnuta zvláštní sonda pro detekci q raménka (např. "13p") v blízkosti centromery. Subtelomerické sondy pro chromozomy X a Y jsou stejné, neboť detekují sekvence v pseudoautozomálních oblastech (PAR1 a PAR2).

Syntetická DNA s duplikací pro tento kit

DNA vzorek SD025 se skládá ze směsi ženské genomové DNA od zdravých jedinců a pečlivě titrovaného množství plazmidu, který obsahuje cílovou sekvenci rozpoznávanou několika sondami, které jsou přítomny v P070-B3. Je-li P070-B3 použit na SD025, budou označené sondy vykazovat duplikaci. SD025 lze objednat i samostatně a je určena pouze pro výzkumné účely.

Soubory ke stažení

• Eggermann K, Schonherr N, Ranke MB, Wollmann HA, Binder G, Eggermann T. (2008). Search for subtelomeric imbalances by multiplex ligation-dependent probe amplification in silver-russell syndrome
• Bruno DL, Burgess T, Ren H, Nouri S, Pertile MD, Francis DI, Norris F, Kenney BK, Schouten J, Andy Choo KH, Slater HR. (2006). High-throughput analysis of chromosome abnormality in spontaneous miscarriage using an MLPA subtelomere assay with an ancillary FISH test for polyploidy
• Martinez-Glez V, Lorda-Sanchez I, Ramirez JM, Ruiz-Barnes P, Rodriguez de Alba M, Diego-Alvarez D, Ramos C, Searby CC, Nishimura DY, Ayuso C. (2006). Clinical presentation of a variant of Axenfeld-Rieger syndrome associated with subtelomeric 6p deletion
• Rooms L, Reyniers E, Wuyts W, Storm K, van Luijk R, Scheers S, Wauters J, van den Ende J, Biervliet M, Eyskens F, van Goethem G, Laridon A, Ceulemans B, Courtens W, Kooy RF. (2006). Multiplex ligation-dependent probe amplification to detect subtelomeric rearrangements in routine diagnostics
• Northrop EL, Ren H, Bruno DL, McGhie JD, Coffa J, Schouten J, Choo KH, Slater HR. (2005). Detection of cryptic subtelomeric chromosome abnormalities and identification of anonymous chromatin using a quantitative multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) assay

SALSA MLPA P041 ATM-1 a P042 ATM-2

• aplikace: Ataxie-teleangiektázie (A-T)
• oblast: ATM 11q23
• verze: B1

Ataxie-teleangiektázie (A-T, také známá jako Louis-Bar syndrom) je autozomálně recesivní onemocnění postihující nervový systém, imunitní systém, a několik dalších orgánů. Je charakterizována progresivní cerebelární ataxií, teleangiektázií a predispozicí k malignitám. Pacienti s A-T mají často oslabený imunitní systém a často mají chronické infekce plic. Vyskytuje se u 140 000 až 100 000 lidí po celém světě.

Mutace v genu ATM způsobují A-T. Gen kóduje protein ATM, který je členem fosfatidylinositol-3 kinázové rodiny proteinů, které reagují na poškození DNA fosforylací klíčových substrátů zapojených do opravy DNA a / nebo kontroly buněčného cyklu.

Tento SALSA® MLPA® kit je určen pro detekci delecí / duplikací jedné nebo více sekvencí ve výše uvedených ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35 - 50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Všimněte si, že mutace nebo polymorfismu v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace! Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách.

Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány.

Další informace:

• Cavalieri S, Funaro A, Pappi P, Migone N, Gatti RA, Brusco A (2011). Large genomic mutations within the ATM gene detected by MLPA, including a duplication of 41 kb from exon 4 to 20. - Ann Hum Genet

SALSA MLPA P047 RB1

• aplikace: Retinoblastom (RB)
• oblast: RB1 13q14
• verze: D1

Retinoblastom (RB, MIM180200) je embryonální nádor sítnice. Téměř vždy se vyvíjí v raném dětství a je často oboustranný. Retinoblastom je spojen se ztrátou nebo inaktivací RB1 genu. RB1 gen je negativní regulátor buněčného cyklu a proliferace. V USA je frekvence RB přibližně 1: 23 000 živě narozených dětí (Macklin MT, 1960 Am J Hum Genet. 12: 1-43). Oboustranný i jednostranný dědičný RB představuje 25-30 % a 10-15 % všech případů RB. Žádný z nedědičných RB (což představuje 55-65 % všech případů RB) je oboustranný. Pacienti s bilaterálním RB mají také predispozici (230-500x zvýšené riziko) pro osteogenní sarkom.

Několik heterozygotních delecí v RB1 genu bylo charakterizováno v DNA krevního původu. U nádorů, homozygotní delece v RB1 lokusu byly nalezeny v ojedinělých případech leiomyosarkomu, maligního fibrózního histiocytomu a nediferencovaného sarkomu, v nepřítomnosti jakéhokoliv historie retinoblastomu. Ztráta heterozygozity na RB1 lokusu se často vyskytuje u astrocytomů vysokého stádia, ale málo u gliomů nízkého stádia.

Delece exonů 13-17 jsou často pozorovány u různých typů nádorů, včetně retinoblastomu, rakoviny prsu, osteosarkomu, a proto přítomnost potenciálního "hotspotu" (kritického místa) pro rekombinaci v této oblasti byla předpovězena. Delece RB1 genu zasahující do PCDH8 genu hrají důležitou roli v psychomotorickém opoždění u RB pacientů (Castera L et al, 2013 Eur J Hum Genet 21:460-4). V posledních letech byl prokázán alternativní mechanismus RB1 inaktivace pomocí metylace promotoru (CpG106) u některých druhů rakoviny (Simpson DJ et al, 2000, Cancer Res 60:1211-6; Sahi H a kol, 2014 APMIS . PMID: 24735260). Kromě toho, imprintingovaná oblast v intronu 2 RB1 genu (CpG85) byla identifikována (Kanber D et al, 2009 PLoS Genet 5 (12):E1000790), a v poslední době význam metylace tohoto regionu u hepatocelulárního karcinomu byl prokázán (Anwar SL et al, 2014 J Pathol 233:392-401).

Obsah kitu

Gen RB1 (27 exonů) pokrývá okolo 180 kb genomové DNA (Hong FD et al, 1989, Proc Nat Acad Sci 86:5502-6), a nachází se na 13q14.2. Tento P047-D1 RB1 kit obsahuje sondy pro 26 z 27 RB1 exonů. Žádná sonda není přítomna pro exon 15, který se nachází v těsné blízkosti sousedních exonů. Pět sond je přítomno pro exon 1, dvě pro exon 12 a dvě pro exon 27. Sondy pro exon 1 jsou umístěny na CpG106 a umožňují stanovení metylačního statusu v RB1 promotorové oblasti, která je nemetylovaná ve většině vzorků DNA získaných z krve.

Po HhaI štěpení bude vrchol signálu získaný v nemetylovaných vzorcích velmi nízký nebo bude zcela chybět pro těchto pět sond zahrnující exon 1. Naproti tomu, při testech na denaturované lidské DNA in vitro, tyto sondy generují signál. Máme k dispozici údaje ukazující, že metylace detekovaná určitou sondou přímo ovlivňuje hladinu odpovídající mRNA. Kromě toho, čtyři MS-MLPA sondy jsou přítomny pro imprintingovaný CpG ostrov CpG85 umístěný v intronu 2 a poskytují informace o stavu metylace této oblasti. Jak tyto čtyři sondy detekují cílovou imprintingovanou oblast, jedna alela je metylovaná, druhá je nemetylovaná u normálních kontrolních vzorků. Ve srovnání s referenčními sondami, které neobsahují HhaI místa, signál sondy MS-MLPA v imprintingované oblasti je snížen přibližně o 50 % po HhaI štěpení ve vzorcích DNA od normálních jedinců.

• Tento kit obsahuje také doprovodné sondy v těsné blízkosti RB1 (48 kb před, 35 kb za), stejně jako sondu pro DLEU1 gen a dvě sondy pro PCDH8 gen 1,6 Mb a 4,5 Mb za genem RB1. Kromě toho, 13 referenčních sond je zahrnuto v tomto kitu a detekují několik různých autozomálně chromozomálních míst, které jsou v lidských nádorech relativně stabilní a nejsou ovlivněny HhaI štěpením.

Tento SALSA® MLPA® kit je určen pro detekci delecí / duplikací jedné nebo více sekvencí ve výše uvedeném genu (ů) ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35-50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Všimněte si, že mutace nebo polymorfismu v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace! Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách.

Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány. Tento kit může být použit k detekci stavu metylace promotorové impritingované oblasti RB1 genu. Úrovně metylace může být různá pro různé tkáně. Je-li to možné, použijte stejně ošetřené testované a referenční vzorky (stejný typ tkáně a metody extrakce).

SALSA MLPA P002 BRCA1

• aplikace: Dědičný nádor prsu (BRCA1)
• oblast: BRCA1 17q21.31
• verze: D1

Tento SALSA MLPA  P002 BRCA1 kit je určen pouze pro výzkumné účely (RUO) pro detekci delecí nebo duplikací exonů v lidském genu BRCA1 a není určen pro použití jako samostatný test pro klinické rozhodování. Většina defektů v BRCA1 genu jsou bodové mutace, z nichž většina nebude detekována pomocí MLPA. Proto se doporučuje používat tento SALSA MLPA kit v kombinaci se sekvenční analýzou.

SD024 syntetická DNA s duplikací

MRC-Holland připravila směs ženské genomové DNA od zdravých jedinců a pečlivě titrovaného množství plazmidu, který obsahuje cílovou sekvenci rozpoznávanou několika sondami ve vybraných MLPA kitech. SD024 v MLPA reakcí prováděných s vybranými MLPA kity bude tedy vykazovat duplikaci několika sekvencí. SD024 lze objednat samostatně.

Klinické pozadí

Zárodečné defekty v genu BRCA1 jsou nejčastější příčinou dědičné predispozice k rakovině prsu. Charakteristika dědičného, proti sporadickému, nádoru prsu jsou: mladší věk v době stanovení diagnózy, časté bilaterální onemocnění a častější výskyt nádoru mezi příbuznými muži. Více informací získáte zde.

Mezi různé defekty v genu BRCA1, které byly nalezeny u pacientů, patří delece a duplikace celých exonů, které jsou obvykle nezachyceny standardní analýzou. MLPA technika může detekovat většinu z těchto delecí a duplikací, a proto doplňuje sekvenční analýzu BRCA1 genu. Očekávaný počet BRCA1 chromozomálních přestaveb, které mohou být detekovány tímto MLPA kitem, je mezi 3 a 19 % všech mutací BRCA1 ve většině populací (Smith LD et al 2011; Sluiter MD et al 2011).  Viz níže několik publikací o kitu P002 BRCA1.

Obsah P002-D1 kitu

Tento SALSA MLPA P002 BRCA1 kit obsahuje 48 MLPA sond s amplifikačními produkty mezi 130 a 469 nt: 38 sond pro oblast BRCA1 genu a 10 referenčních sond, které detekují sekvence mimo tuto oblast. Alespoň jedna MLPA sonda je k dispozici pro každý exon v hlavní BRCA1 transkripční variantě

• 1. Osm sond je přítomno pro exon 11, který je velmi dlouhý (3426 nt).
• Tři sondy jsou přítomny pro exon 13, který je často deletovaný nebo duplikovaný.
• Tři sondy jsou přítomny pro exon 24 a dva pro exon 16.
• Jedna sonda je zahrnuta pro exon 1b, což je první exon v transkripční variantě 3 a 5.
• Dvě sondy detekují sekvence nacházející se 4,6 kb a 0,7kb před BRCA1 genem.

Tento kit obsahuje devět kontrol kvality fragmentů, které generují amplifikační produkty mezi 64 a 105 nt: čtyři kvantitativní DNA fragmenty (Q-fragmenty), tři denaturační DNA fragmenty (D-fragmenty), jeden chromozóm X a jeden Y chromozóm specifický fragment. Více informací o tom, jak interpretovat výsledky z těchto kontrolních fragmentů lze nalézt v MLPA obecném protokolu.

Pozitivní kontroly

V případě, že nemáte k dispozici pozitivní DNA ve Vaší laboratoři, syntetický pozitivní vzorek duplikace DNA pro BRCA (název produktu SD024) lze objednat u MRC-Holland. Tato SD024 DNA vykazuje duplikaci tří sond při použití následujících kitů: P002 a P087 BRCA1; P045, P090 a P077 BRCA2. SD024 DNA je směs ženské genomové DNA od zdravých jedinců a pečlivě titrovaného množství plazmidu, který obsahuje cílovou sekvenci rozpoznávanou několika sondami.

SALSA MLPA P102 HBB

• aplikace: beta0 talasémie
• oblast: HBB 11p15.5
• verze: C1

Tento SALSA MLPA P102 HBB je určen pouze výzkumné účely (RUO) pro detekci změn počtu kopií v lidském HBB genu a není určen pro použití jako samostatný test pro klinické rozhodování. Většina defektů v oblasti genu HBB jsou bodové mutace, z nichž většina nejsou detekovány MLPA. Proto se doporučuje používat tento SALSA MLPA kit v kombinaci se sekvenční analýzou.

Klinické pozadí

Srpkovitá anémie a beta talasémie vznikají v důsledku mutace a absence beta globinových polypeptidových řetězců. Beta globinový genový klastr u člověka zabírá cca 45 kb na chromozomu 11 a zahrnuje 5 funkčních genů a 1 pseudogen. Chromozomální pořadí genů je: 5'-epsilon, gamaG, gama A, beta 1 pseudogen, delta, beta-3´. Tyto beta-like geny mají stejnou celkovou exonovou strukturu a jsou zřejmě odvozeny z jednoho výchozího genu. Epsilon a dva gama globinové geny jsou exprimovány v časných embryonálních a fetálních erytroidních tkáních, zatímco delta a beta globinové geny jsou exprimovány v dospělosti.

Obsah kitu P102-C1

Tento SALSA MLPAP 102 HBB kit obsahuje:

• 49 MLPA sond s amplifikačními produkty mezi 130 a 502 nt
• 39 sond pro oblast genu HBB
• 10 referenčních sond, které detekují sekvence mimo tuto oblast

Jedna z těchto 39 sond (214 nt) je specifická pro hemoglobinovou S mutaci (rs334) a bude tedy generovat signál v převážné většině vzorků. 219 nt sonda indikuje počet kopií divokého typu alely této mutace. Hemoglobinová S mutace je příčinou srpkovité anémie a je často nalézána u Afričanů a Afroameričanů.

Testovací vzorek DNA

DNA vzorek SD029 je součástí každé zásilky P102 HBB kitu a může být použit pro test hemoglobinové S mutace (rs334) specifické sondy (05830-L05307). Zahrnutí jedné reakce s 5 ul S D029 DNA do MLPA experimentu se doporučuje, protože může být použito pro pomoc při analýze dat z píků pomocí softwaru Coffalyser.NET a jako umělá pozitivní kontrola pro specifickoubodovou mutaci.

SALSA MLPA P095 Aneuploidy

• aplikace: Downův syndrom, Edwardsův syndrom, Pataův syndrom
• oblast: Chr. 13, 18, 21, X, Y
• verze: A3

Salsa MLPA probemix P095 Aneuploidy

• Země EU a ESVO: CE označení pro in vitro diagnostiku.
• Všechny ostatní země: RUO.

Tento výrobek je určen ke stanovení počtu kopií DNA osmi sekvencí na každém ze čtyř lidských chromozomů (13,18, 21, X) a čtyř sekvencí na chromozomu Y, kit je určen pro detekci a neuploidie jednoho z těchto chromozomů v prenatálních a postnatálních vzorcích DNA.

• Izolovaná DNA z prenatálních vzorků by měla být z (1) plodové vody získané v 16. týdnu těhotenství nebo novější a bez kontaminace krve, (2) nekultivovaných choriových klků bez maternální kontaminace, nebo (3) z fetální krve.
• Izolovaná DNA z postnatálních vzorků by měla být z krve nebo bukálních stěrů.

Tento kit lze použít pro stanovení počáteční diagnózy nebo potvrzení výsledků z jiných metod. Tento kit neumí rozlišit normální karyotyp (46, XX) od triploidního karyotypu (69, XXX) u žen.

Klinické pozadí

Zárodečná aneuploidie kompletního chromozomu obvykle vede k potratu. Mezi nejčastější případy abnormálního počtu kopií chromozomů v době narození jsou extra chromozomy 13, 18 nebo 21, z nichž každý vede k mentální retardaci a dalším poruchám, nebo přítomnost extra nebo absence pohlavních chromozomů (např.X0, XXY, XYY) - s mnohem méně závažnými následky. Úplné trizomie tvoří většinu případů, zatímco menšina vyplývá z dílčích chromozomálních duplikací nebo mozaik.

Metody používané k detekci suspektních a neuploidií zahrnují karyotypování, FISH, kvantitativní PCR (zejména QF-PCR krátkých tandemových repetic), MLPA, (array) - CGH a vysokokapacitní sekvenování. Bez ohledu na používanou metodu detekce, aneuploidie lze diagnostikovat prenatálně ve vzorcích z plodové vody, choriových klků, fetální krve nebo z volně cirkulující fetální DNA v mateřské plazmě (NIPD). Pro analýzu vzorků post natálních, DNA odvozená z krve nebo bukálních stěrů se běžně používá.

Obsah kitu

• 36 MLPA sond s amplifikačními produkty mezi 136 a 454 nt
• osm sond pro každý chromozom 13, 18, 21 a X
• čtyři sondy pro chromozom Y

Více informací o aneuploidiích je k dispozici zde. Několik publikací o kitu P095 Aneuploidy a několik článků porovnávající různé metody pro testování aneuploidií:

• Kooper AJ et al. (2009). Multiplex ligation-dependentprobeamplification (MLPA) as a stand-alone test for rapid aneuploidydetection in amniotic fluid cells. - Prenat.Diagn. 28:1004-1010.
• Gerdes T et al. (2009). Multiplex ligation-dependent probe amplification(MLPA) in prenatal diagnosis-experience of a large series of rapid testing for aneuploidy of chromosomes 13, 18, 21, X and Y. - Prenat.Diagn. 28:1119-1125.
• Van Opstal D. et al. (2009). Rapid aneuploidydetectionwith multiplex ligation-dependent probe amplification: a prospective study of 4000 amniotic fluid samples. - Eur.J.Hum.Genet. 17:112-121.

Soubory ke stažení:

• Diego-Alvarez D, et al. (2006). Double trisomy in spontaneous miscarriages: cytogenetic and molecularapproach.
• Gerdes T, Kirchhoff M, Bryndorf T. (2005). Automatic analysis of multiplex ligation-dependent probe amplification products (exemplified by a commercial kit for prenatal aneuploidy detection).
• Hochstenbach R, et al. (2005). Rapid detection of chromosomal aneuploidies in uncultured amniocytes by multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA).

SALSA MLPA P036 Subtelomeres Mix 1

• aplikace: Testování subtelomer
• oblast: Všechny subtelomery
• verze: E2

SALSA MLPA probemix P036 Subtelomeres Mix 1

• EU (kandidátní) členské státy a členové EFTA: CE označení pro diagnostiku in vitro (IVD).
• Všechny ostatní země: pouze pro výzkumné účely (RUO).

Tento výrobek je určen k detekcidelece(í) a/nebo duplikace(í) v subtelomerických regionech, které jsou potenciální příčinou vývojového opoždění, dysmorfických rysů, ostatních vrozených vad a / nebo ztráty těhotenství. Kit může být použit na lidskou DNA odvozenou z periferní krve, bukálních stěrů a z nekultivovaných amniocytů nebo choriových klků. Zjištěné abnormality by měly být vždy potvrzeny uvedeným MLPA navazujícím kitem nebo jinou metodou.

Klinické pozadí

Aberantní počet kopií subtelomerických regionů, např. v důsledku nebalancované translokace, je častou příčinou opožděného vývoje a vrozených vad. MLPA kit P036 Subtelomeres Mix 1 je určen k identifikaci jedinců se změnou v počtu kopií jedné nebo více subtelomerických oblastí. Míra detekce silně závisí na souboru testovaných pacientů: Ahnetal. (2007) zjistili míru detekce 5,9 % při testování 455 pacientů; Stegmanna kol. (2008) získali míru detekce 3,9 % při testování souboru pacientů, ve kterém normální G-pruhování nezjistilo žádné abnormality. Viz zde  . Všimněte si, že MLPA nemůže identifikovat balancované translokace a má nižší míru detekce než microarray analýza.

P036-E2 Subtelomeres Mix 1 obsahuje:

• 47 MLPA sond s amplifikačními produkty mezi 118 a 483 nt
• 2 sondy pro každý chromozom
• 1 sondu pro jedinečnou oblast chromozomu Y
• 41 sond je umístěno v subtelomerických regionech.

Žádné sondy nejsou přítomny pro subtelomerické oblasti 5 akrocentrických chromozomů (13, 14, 15, 21, 22). Pro tyto chromozomy je zahrnuta zvláštní sonda pro detekci q raménka (např. "13p") v blízkosti centromery. Subtelomerické sondy pro chromozomy X a Y jsou stejné, neboť detekují sekvence v pseudo autozomálních oblastech (PAR1 aPAR2).

Syntetická DNA s duplikací pro tento kit

DNA vzorek SD025 se skládá ze směsi ženské genomové DNA od zdravých jedinců a pečlivě titrovaného množství plazmidu, který obsahuje cílovou sekvenci rozpoznávanou několika sondami, které jsou přítomny v P036-E2. Je-li P036-E2 použit na SD025, budou označené sondy vykazovat duplikaci. SD025 lze objednat i samostatně.

MLPA P002 BRCA1 

Očekává se, že zlepšená verze P002 BRCA1 kitu bude k dispozici na konci léta. V nové verzi je dalších 12 BRCA1 sond, což má za následek lepší pokrytí dlouhého exonu 11. Nové sondy jsou také přítomny pro exony 13, 16, 24 a pro promotorové oblasti. Ligační místa současných BRCA1 sond zůstaly beze změny s výjimkou jedné sondy pro exon 24.

MLPA P008 PMS2

PMS2 sondy pro exony 3 a 4 ve verzi P008-B se ukázaly být málo specifické. Část signálu generovaného těmito sondami byla generována v důsledku přítomnosti jednoho nebo více PMS2 pseudogenů, kterých je celkem 10. PMS2 sondy pro exony 3 a 4 byly nahrazeny v nové verzi P008-C1. Specifita nových sond byla prokázána testováním vzorku od pacienta s homogenní delecí téměř kompletního PMS2 genu, který nám byl laskavě poskytnut z Baylor College.

MLPA P056 TP53

Ve srovnání s předchozí verzí (šarže B1-1011) je většina referenčních a doprovodných sond nahrazena a několik nových sond je přidáno. Kromě toho byla přidána jedna sonda pro TP53 exon 9a a jedna sonda před TP53 exon 11. Dále se nahradila jedna CHEK2 sonda a přidala ještě jedna CHEK2 sonda.

MLPA P140 HBA

Při použití aktuální verze B4 bylo někdy obtížné rozlišit malé delece vzniklé genovou konverzí, neboť jen jedna sekvence z dvojice blízce příbuzných sekvencí je detekována sondou. V nové verzi C1 jsme navrhli pět párů sond, které zajistí detekci přesného počtu kopií obou těchto blízce příbuzných sekvencí v oblasti HBA1/HBA2. Tři sondy jsou přítomny pro detekci sekvencí, které jsou identické v HBA1 a HBA2, a tak detekují čtyři kopie v buňce u většiny jedinců. Kromě toho bylo zahrnuto 5 dalších doprovodných sond pro centromerickou oblast HBA. Kompletní popis nového P140 kitu je k dispozici na vyžádání.

MLPA P294 Tumour loss

Ve srovnání s verzí A1-1008 bylo do kitu přidáno dvanáct nových referenčních sond, což umožňuje robustnější analýzu dat u nádorových vzorků. Kromě toho bylo několik cílových sond buď nahrazeno, nebo prodlouženo.

MLPA P370 BRAF-IDH1-IDH2

Ve srovnání s verzí A1-1110 bylo pro geny FGFR1, MYB a MYBL1 zahrnuto několik nových sond, protože tyto geny jsou důležité pro rozlišení molekulárních podtypů gliomů. Několik sond bylo také nahrazeno na raménkách 3p, 7q a 9p a také byla nahrazena většina referenčních sond.

P072 MSH6

Pracujeme na nové verzi kitu P072 MSH6. Na základě nedávné publikace bylo navrženo zahrnutí do P072 kitu sondy pro každý exon genu EpCAM (Spaepen M et al. 2013. Genes Chromosomes and Cancer. 52:845-54). Ve srovnání s aktuální verzí tohoto kitu (C1), jedna sonda před MSH2 je nahrazena a devět nových sond pro EPCAM bylo přidáno. Několik referenčních sond bylo nahrazeno nebo byly přidány do nové P072 testovací verze.

P420 a P520 MPN mix 1 - 2

Oba kity P420 - X2 MPN mix 2 a P520 - X1 MPN mix 2 budou obsahovat následující specifické sondy pro mutace: sonda pro JAK2 V617F (v exonu 14), dvě sondy pro JAK2 v exonu 12 (N542 - E543del a E543 - D544del) a dvě sondy pro MPL (W515K a W515L), které jsou diagnosticky relevantní u PV, ET a PMF podle klasifikace WHO. Také specifická sonda pro mutace v KIT (D816V) bude přidána. Nakonec dvě sondy pro CALR mutace v exonu 9 (52 bp delece  - L367fs * 46) (5bp inserce - K385fs * 47) budou zahrnuty do tohoto kitu.

Kit P420 - X2 MPN mix 1 umožňuje detekci výše uvedených bodových mutací v případě, že mutační zátěž ve vzorku pacienta je > 10 až 20%.  Kit P520 - X1 MPN mix 2 je upravená verze P420 kitu umožňující vyšší citlivost detekce bodových mutací. Pouze > 1% mutační zátěž je potřeba pro spolehlivou detekci výše uvedených bodových mutací s P520 - X1 kitem.